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Le Conseil, élu pour quatre ans, applique la politique déterminée par les membres. Il se compose de huit membres : le Président, élu par l'Assemblée générale, deux membres désignés par l'Association des Fédérations Internationales des sports olympiques d'été (ASOIF), un membre désigné par l'Association des Fédérations Internationales des sports olympiques d'hiver (AIOWF), deux membres désignés par l'Association des Fédérations Internationales de Sport reconnues par le CIO (ARISF) et deux membres (un délégué des Fédérations Internationales et un délégué des Membres Associés) désignés par les autres Fédérations / Organisations sportives n'appartenant à aucun des groupements ci-dessus. Chaque organisation / groupe applique sa propre procédure pour désigner ses représentants.
Le Conseil élit deux Vice Présidents et un Trésorier parmi ses membres.
LE CONSEIL DE L'AGFIS 2007-2011
Président : Hein VERBRUGGEN (Cyclisme, NED)
Vice-Présidents : Tamas AJAN (Haltérophilie, HUN)
Ron FROEHLICH (Jeux Mondiaux, USA)
Membres :
Denis OSWALD (Aviron, SUI) | 
